Καθαρίστε και κόψτε σε λεπτές φέτες τα κρεμμύδια. Σε λίγο ελαιόλαδο σοτάρετε τα κρεμμύδια σε χαμηλή ένταση για 20 λεπτά, ανακατεύοντας κατά διαστήματα για να μη κολλήσουν. Όταν μαλακώσουν και αποκτήσουν χρυσόξανθο χρώμα, ρίξτε τη ζάχαρη, το ξίδι, λίγο αλάτι και την μισή ποσότητα του φρέσκου θυμαριού. Συνεχίστε το μαγείρεμα άλλα 10 λεπτά μέχρι να εξατμιστούν τα υγρά τους και κατεβάστε τα από την εστία. 

Βράστε τις ταλιατέλες σε αλατισμένο νερό σύμφωνα με τον χρόνο που αναφέρεται στη συσκευασία και στραγγίστε τες.

Ανακατέψτε τις ταλιατέλες με τα καραμελωμένα κρεμμύδια και μοιράστε τες στα πιάτα. Σερβίρετε με το ανθότυρο και γαρνίρετε με το υπόλοιπο φρέσκο θυμάρι.